L'agent du mildiou de la vigne, Plasmopara viticola, est un oomycete parasite introduit accidentellement en Europe à la fin du 19ème siècle. Il s'agit d'une des maladies les plus destructrices sur vigne dont le contrôle nécessite de très nombreux traitements phytosanitaires.

Des programmes récents d'amélioration de la vigne ont abouti à la création de nouveaux cépages naturellement résistants au mildiou. Malgré une diffusion restreinte de ces cépages, on assiste à l'émergence de souches virulentes capable de contourner certaines de ces résistances suggérant une capacité d'adaptation très rapide du pathogène.

Gérer durablement le déploiement des résistances de la vigne nécessite une connaissance approfondie de la génétique de l'interaction entre la plante et le pathogène. Si les facteurs de résistances sont aujourd'hui bien décrits, nous ne disposons d'aucune connaissance sur les facteurs de virulence. Les ressources génomiques produites par notre laboratoire, couplée à la maitrise récente du cycle sexué du pathogène, permettent aujourd'hui d'envisager de nouvelles approches pour découvrir ces gènes.

L'objectif du projet de thèse est d'identifier, par une approche de génétique quantitative par croisement, les déterminants génomiques de la virulence impliquée dans le contournement de trois facteurs de résistances de la vigne (Rpv3, Rpv10, Rpv12). Plusieurs centaines de descendants issus de deux croisements de P. viticola seront caractérisés pour leur agressivité vis-à-vis de ces facteurs de résistances. Ils seront génotypés (hybridation sur puce, amplicon sequencing) et la matrice des polymorphismes obtenue permettra de construire les cartes génétiques. Les données de virulence seront associées aux données de génotypage pour identifier les régions génomiques (QTL) impliquées dans le déterminisme génétique des caractères étudiés (nombre de loci, dominance/additivité, pléiotropie/épistasie).

Ces résultats nous permettront de comprendre la dynamique d'apparition de nouvelles virulences et d'anticiper l'émergence de nouveau contournements. L'identification des régions impliquées dans la virulence permettra également de développer un nouvel outil moléculaire adapté au suivi en routine des profils de virulence des populations de mildiou au vignoble.