Elément de structuration de sa stratégie scientifique, l'université s’est engagée dans une série de vastes projets institutionnels ainsi que dans la labellisation de programmes de recherche axés autour d’un défi scientifique ou sociétal. Deux d'entre eux sont portés par le Département Sciences de l'environnement : le GPR Bordeaux Plant Sciences et le RRI Tackling global change.