Au regard des grands enjeux qui relèvent de son domaine d'intervention, l’UMR produit des connaissances fondamentales (une centaine de publications par an) qui permettent de mieux comprendre les réponses des populations et des espèces aux changements globaux ainsi que les mécanismes/processus qui sous-tendent leur évolution et leur adaptation et in fine de mieux prédire l’évolution future des écosystèmes.

Ces nouvelles connaissances, produites par 7 équipes de recherche et 4 pôles de compétences métiers, portent sur 4 thèmes recherches prioritaires :

• Etudier l'histoire évolutive et la réponse des espèces et des communautés aux changements globaux
• Comprendre et prédire les phénotypes complexes
• Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité
• Développer des approches intégrées pour la gestion, la conservation et la restauration de la biodiversité

Au carrefour de ces grands domaine de recherche, nos recherches s’accompagnent aussi d’un certain notre d’applications, qui visent à :

• renforcer la culture scientifique des citoyens et informer le débat public
• faire des propositions de stratégies de gestion des ressources naturelles et des milieux, pour répondre aux enjeux multiples de résilience et d’adaptation aux changements globaux, aux enjeux de biodiversité et de la bioéconomie. 
• informer les décideurs publics sur les enjeux écologiques, économiques et sociétaux entourant la gestion, la conservation et la restauration des écosystèmes pour les armer davantage quand ils prennent des décisions sur l’avenir des écosystèmes
• transmettre la production de savoir appliquée à la gestion durable des écosystèmes, en travaillant au côté des professionnels

Plus concrètement, nous proposons : des pratiques de gestion favorisant la durabilité des écosystèmes, des analyses de risques en contexte incertain et de perturbations multiples, des outils de biosurveillance, des bioindicateurs du bon état écologique et de gestion durable des milieux naturels, des indicateurs de suivi de la diversité génétique, des méthodes d’amélioration des ressources génétiques, une caractérisation du potentiel adaptatif des arbres forestiers, des méthodes de contrôle des bioinvasions…