Dans la production de vin, la fermentation alcoolique (FA) est réalisée par la levure Saccharomyces cerevisiae, transformant les sucres du jus de raisin en éthanol et en dioxyde de carbone. De plus, la fermentation malolactique (FML) a lieu dans la plupart des vins rouges de haute qualité et certains vins blancs, sous l’action des bactéries lactiques (BL). Oenococcus oeni est l’espèce de BL prédominante en vinification car elle est la mieux adaptée à l’environnement difficile du vin, caractérisé par une rareté des nutriments, des concentrations élevées d’éthanol, un faible pH, ainsi que la présence de polyphénols et de dioxyde de soufre (SO₂).
Les mutations fréquentes, ainsi que le transfert horizontal de gènes, sont probablement des moteurs clés de l'adaptation rapide de O. oeni aux environnements fluctuants rencontrés lors de la vinification. Cependant, l’étude des traits et des dynamiques évolutives qui contribuent à la diversité adaptative des populations de O. oeni reste difficile dans le cadre de fermentations spontanées. Cela est dû au paysage complexe de stress biotiques et abiotiques tout au long de la fermentation.

L’objectif de ce travail est de mieux comprendre les pressions sélectives sur O. oeni et de relier les variations génétiques des génotypes favoris aux variables du vin. Ce travail vise à identifier les pressions sélectives sur O. oeni et à relier ses variations génétiques aux variables du vin. Des typages moléculaires des souches dominantes ont été effectués dans des vins soumis à différents niveaux d’éthanol, de pH et de composés polyphénoliques. Le séquençage génomique a permis de comprendre les relations entre souches et leurs rôles écologiques dans des compositions de vin distinctes. Par la suite, des souches sélectionnées d’origines diverses ont été assemblées en un consortium, et leur développement a été évalué dans des vins rouges et blancs difficiles après la FA, offrant des perspectives sur les interactions au niveau infra-spécifique et sur la diversité lors de la FML.

Dans le chapitre final, une nouvelle famille de phages lytique appelés "Krappator" a été rapportée. Cette famille a été entièrement caractérisée par des approches physiologiques et in silico, et deux nouvelles espèces ont été proposées. Dans ce dernier travail, Un représentant de cette famille a été utilisé pour étudier la pression exercée par les phages sur O. oeni via des expériences de co-évolution, révélant les stratégies développées par la bactérie contre ce type d’antagonisme.

Globalement, nous avons employé diverses approches pour approfondir notre compréhension des pressions subies par O. oeni. Alors que les vignerons dépendent de plus en plus de souches bactériennes commerciales robustes pour garantir une FML réussie, nos résultats pourraient contribuer au développement de nouvelles stratégies pour sélectionner des démarreurs de FML mieux adaptés à la fermentation de vins complexes et exigeants.