Le fraisier se reproduit de manière sexuée (floraison) et asexuée (stolons). Ces deux modes, bien qu'antagonistes, sont agronomiquement importants : la floraison influence le rendement en fruits, tandis que les stolons permettent la propagation de variétés. Cette compétition a lieu notamment au niveau des bourgeons axillaires (AxB), qui se développent soit en branches pouvant se terminer par une inflorescence, soit en stolons. Comprendre le réseau génétique contrôlant le développement des AxB est crucial, car il affecte à la fois le rendement en fruits et en plants du fraisier. L’objectif de ma thèse est d’élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans la balance entre reproduction sexuée et asexuée chez le fraisier diploïde à travers trois questions principales :
- Quelles sont les acteurs moléculaires impliqués dans la différenciation du AxB en stolon ou en branche et peut-on associer une signature moléculaire du AxB en fonction du stade de différenciation et du devenir ? Des analyses transcriptomiques comparatives et prédictives à partir de AxB prélevés sur différents génotypes, à différents stades de développement et à différentes positions sur la plante, ont mis en évidence des acteurs clés et des gènes signatures du devenir et de l'état de différenciation de l'AxB.
- Quels sont les acteurs moléculaires impliqués dans le devenir du bourgeon axillaire en stolon ou en branche ? Une approche de transcriptomique comparative sur des AxB morphologiquement indifférenciés a permis d'identifier des processus biologiques et une liste restreinte de gènes potentiellement impliqués dans cette balance.
- Est-ce que des modifications d'expression de gènes candidats entraînent une modification de la balance entre reproduction sexuée et asexuée ? Des approches d'édition du génome via CRISPR ont été utilisées sur deux gènes d’intérêt pour évaluer l'impact de la perte de fonction de ces gènes sur la balance entre reproduction sexuée et asexuée.

Cette thèse a permis de compléter le réseau de régulation qui contrôle le devenir et la différenciation de l’AxB et donc la balance entre reproduction sexuée et asexuée chez le fraisier et de mettre en évidence de potentielles cibles pour l’amélioration du fraisier cultivé.